Kali ini Spongebob dan kawan-kawannya akan berjuang untuk menemukan Resep Rahasia milik Tuan Krabs yang hilang secara tiba-tiba. Resep rahasia tersebut hilang secara ajaib saat Plankton sedang berusaha untuk mencuri resep tersebut. Petualangan akhirnya dimulai hingga membawa mereka kedalam dunia nyata dalam bentuk 3 Dimensi.
